Tuy nhiên cho đến nay có nhiều đơn vị vẫn không xây dựng kế hoạch kiểm tra chi tiết, thậm chí có đơn vị không có thời gian thực hiện khiến Thanh tra Bộ không đánh giá được tiến độ thực hiện theo kế hoạch; nhiều đơn vị gửi báo cáo chậm hoặc không gửi báo cáo. Thanh tra Bộ đề nghị tất cả các các đơn vị thực hiện thanh tra, kiểm tra phải nhanh chóng gửi văn bản và báo cáo về Thanh tra Bộ. Nhìn chung, kết quả hoạt động thanh tra, kiểm tra và công tác thông tin báo cáo tổng hợp trong những tháng qua chưa được tốt.

Thứ trưởng Nguyễn Mạnh Hiển nhấn mạnh: Ngay sau buổi làm việc, các đơn vị đối chiếu kế hoạch thanh tra, kiểm tra năm 2008 và kết quả thực hiện 8 tháng đầu năm 2008, việc nào không thực hiện được thì có văn bản đề nghị Bộ trưởng điều chỉnh kế hoạch. Năm 2009, kế hoạch thanh kiểm tra cần được xây dựng chi tiết hơn về nội dung, tiến độ thực hiện, đồng thời phải xem xét bồi dưỡng nguồn nhân lực và dự trù kinh phí thực hiện. Để công tác thanh kiểm tra có hiệu quả cần có sự phối hợp chặt chẽ hơn nữa giữa Thanh tra Bộ và các đơn vị, phải chú ý tới công tác hậu kiểm; việc thanh tra, kiểm tra không chỉ dừng lại ở các đơn vị trong ngành như hiện nay mà phải hướng tới các Bộ, ngành liên quan.